Les décisions du CPNCF sont prises par consensus. À défaut de ne pouvoir en établir un, il est prévu que le MELS ou la FCSQ puisse exercer une voix prépondérante selon le sujet discuté.

Le partage des sujets à l’égard desquels chaque partie peut exercer une voix prépondérante respecte, d’une part, la responsabilité dévolue au ministre de l’Éducation, du Loisir et du Sport de définir les politiques en éducation et d’être l’instrument de l’État dans l’allocation des ressources publiques (tels les incidences financières majeures, le nombre d’élèves par groupe, les paramètres de tâches, le budget de perfectionnement, les salaires, etc.) et, d’autre part, la responsabilité dévolue aux commissions scolaires d’organiser et de développer l’enseignement dans le meilleur intérêt de leur population scolaire tout en considérant leur obligation d’assurer une gestion saine et efficace de leurs ressources.

La FCSQ, détient une voix prépondérante sur :

les matières pouvant faire l’objet d’arrangements locaux;
l’ajout d’une matière pouvant faire l’objet de négociation locale ou d’un arrangement local;
la dotation et la gestion du personnel;
l’organisation du travail;
l’exercice des droits syndicaux;
les mouvements de personnel et l’administration des conventions collectives.

En ce qui concerne le Conseil du trésor, il autorise les mandats de négociation du CPNCF et assure le suivi des négociations menées par cet organisme.